（一）办公室主要职责
负责局机关政务工作的组织协调及对外联络；负责机关公文办理、文字综合、档案管理、保密工作和信访及人大、政协建议与提案的办理；负责全省港航系统办公室自动化运转；负责水运行业精神文明建设和宣传思想工作；负责人事、劳资工作；负责党务工作；负责监察工作；负责老干部工作；负责法规建设管理；负责全省执法队伍建设和执法岗位培训，行政执法监察工作；负责建设大连东北亚重要国际航运中心推进小组办公室的综合协调及信息发布工作；负责行政、后勤及内部安全管理工作。
主 任：魏巍
副主任：许哲
电话：024-83210308 83210318
传真：024-83210319
（二）港航规划建设管理处主要职责
负责港口体制改革工作；全省港口布局规划、中长期发展规划的编制、修订，并组织实施；港口经营业务的市场准入管理；港口经营行为、经营秩序及服务质量的管理；会同相关部门对港口经营性收费项目的价格管理；全省引航和理货行政管理；协调国家重点物资、抢险救灾物资、军用物资的运输及协调保障军事战备工作；大连东北亚重要国际航运中心建设和推进工作；指导并监督辽宁省港口协会开展行业协调、人员培训、咨询和认证等业务工作。
根据国家有关规定和技术标准，对全省航道及航道设施、航标实施管理、养护和建设；审批与通航有关的拦河、跨河、临河建筑物的通航标准和技术要求；编制航道、航标发展规划，拟订航道技术等级，组织航道建设计划的实施；配合有关部门开展与通航有关河流的综合开发与治理，负责处理水资源综合利用中与航道有关的事宜；负责经省人民政府批准的航道建设项目的前期工作和设计文件审批、招标投标、开工备案等项目实施过程中的监督管理工作；中朝国际航运合作例会及联检等外事工作。
处长：田浩
副处长：张弓。
电话：024-83210302
传真：024-83210302
（三）水运管理处主要职责
水运市场培育工作，包括水运企业、水运服务企业筹建、开业审核、审批；水运旅游运输经营人审核、审批；水运航线、运输船舶的审核、审批；国际船舶代理企业审核；国际集装箱多式联运审核；海上集装箱运输的审核、审批；无船承运业审核、审批。
水运市场监管工作，包括对水运企业、营运船舶、水运服务业的经营行为、服务质量进行检查、监督、处罚；水运运价管理；负责相关政策法规的草拟和贯彻执行。
处 长：袁 茁（兼任副总工程师，协助王维东副局长分管船检技术处，列席局班子会议）；
副处长：刘建纯
电话：024-83210301 23215890
传真：024-83210301
（四）安全监督处主要职责
负责辽宁省内陆8市水上交通安全监督；防止船舶污染管理；船舶、船员管理；内陆渡口、渡船的安全监管；调查、处理水上交通事故、船舶污染事故及水上交通违法案件；乡镇船舶的行业安全监管；通航秩序、通航环境管理；辽宁省海上搜救中心内陆分中心的日常管理工作；组织编制全省地方海事系统中长期发展规划；制定和实施全省内陆地区水上安全监管和防止船舶污染以及水运业安全生产的方针、政策、法规和技术规范、标准；地方海事执法监察；全省水上交通事故统计工作；组织全省水上交通行业安全检查、专项整治等重大活动。
处长：付钧
副处长：彭存达
电话：024-83210306 83210322
传真：024-83210306
（五）船检技术处主要职责
船舶建造及改造检验；营运船舶法定检验；受理公证检验；船舶防污设备检验；核发船舶检验证书；船用产品检验，海上（水上）设施检验；船舶设计图纸审定；海损事故调查鉴定；草拟检验规范及相关法规，并监督实施。
负责港航科研项目的审核申报工作；港口、船舶技术发展动态的预测；研究港口结构、运力结构调整的技术政策；技术管理人才境外考察培训等外事管理工作；全省港航信息系统网站建设及网络维护。
处长：王岩基；
副处长：王世君。
电话：024-83210307 23215879
传真：024-83210307
（六）财务审计处主要职责
负责各项规费的收支管理及专项资金使用情况的审计；负责港口建设使用国家银行软贷款条件审核；负责贷款资金使用、偿还的监督检查；负责国家规定的港航企业性收费管理；协调、制定港航企业优惠政策，并组织实施；行政经费的收支预决算管理；港航业财务管理的业务指导及业务培训；制定各项财务管理制度并贯彻实施。
副处长：吕岩（主持工作）
电话：024-83210309 23241009
传真：024-83210309
（七）危险货物监督管理处
港口危险货物建设项目安全审查；对各地港口行政管理部门发放危险货物作业附证情况进行监督检查；港口重大危险源监督管理；港口危险货物应急管理；港口安全生产事故统计；港口危险货物作业人员培训考试发证；港口设施保安管理；港口安全现状评价管理；港口企业安全生产标准化管理。
副处长：岳莹（主持工作），刘大勇
电话：024-23979116
传真：024-23979115